朱元璋在磨勘司人員的選用上，採取的是這一類人

宋代勘選首輔執政，其人選必經磨勘司歷練。“祖宗舊制，選除執政侍從必先歷錢穀。自有三司，度支副使擢起居舍人知制誥，有先除權三司使而乃拜樞宻，可見祖宗之意也。其所掌之財，驅磨財計、檢察憑由悉歸磨勘司。造作軍器則謂案主行土木之工，隸修造案；防河之役則河渠案。行之，且國家工役之費先出於三事，其所用為蠧耗之大者必命三司使總之，乃可節以制度也。”宋代磨勘司職權範圍涉及到國家政治運作的各個方面，所以朱元璋在磨勘司人員的選用上，也多選有才學、熟悉刑名錢糧之人。磨勘司人員調任它職，也多被派任掌管刑名錢糧之處。

洪武三年，以太子伴讀高暉為磨勘司令，“洪武六年四月甲戌，以工部尚書黃肅、刑部尚書高萬傑為廣西行省參政，刑部郎中高暉、磨勘司令呂宗藝為福建行省參政”由此可推斷出，高暉在調任磨勘司令之後，出任刑部郎中並同磨勘司令呂宗藝一起被派為福建行省參政。洪武三年十二月乙丑，“以……磨勘司令郭曾為治書侍御史，禮部郎中王宗為磨勘司令……”。洪武四年閏三月甲子，“……以磨勘司令王琮為刑部侍郎，磨勘司丞端以善為磨勘司令……”。洪武四年九月丙辰，“以磨勘司令端以善為刑部尚書，刑部郎中吳云為磨勘司令……”。洪武十年四月壬戌，“以磨勘司令李亨為蘇州府知府。”洪武十七年三月庚戌，“以磨勘司令俞綸試兵部尚書，磨勘司左司丞王道亨為司令”。

洪武十八年春正月乙丑，“以……磨勘司令王道亨為戶部左侍郎，……”其中舉例來說，端以善，為元末為小吏出身，後召為徽州府經歷。“令民自實田，匯為圖集，積弊盡刷”，熟悉地方田冊，後遷至磨勘司令。因其“時官署新立，案牘填委，復初鉤稽無遺”，洪武四年“超拜刑部尚書，用法平”。呂宗藝，東平人，以元中書省參政歸順朱元璋。洪武三年授刑部郎中，坐事出為肇慶府高要縣知縣。四年召還，為刑部員外郎，改磨勘司令。六年升福建行省參政，九年以事降為刑部比部郎中，又降員外郎，至是升尚書。朱元璋以其“立心公平，用律詳審”，命其為刑部尚書。

朱元璋做此安排，可見其用心所在。磨勘司為掌管諸司文移之處，執掌之人必是熟悉刀筆刑名的老手，否則難以駕馭磨勘司業務；磨勘司磨勘中外諸司刑名錢糧，從磨勘司歷練出來的人在刑名審訟方面和錢糧物稅方面都可委以重任。這樣，透過磨勘司的設立，朱元璋為自己找到了一個能快速培訓監督、司法、財政業務人員的渠道。明代磨勘司的設立可以說兼有大理寺“掌審讞平反刑獄之政令”與照磨、檢校“照刷文卷，計錄贓贖”兩大功能。御史刷卷同樣也有吊刷審囚的功能。吳元年，置大理司卿，秩正三品，洪武元年革，洪武十四年復置。“明大理寺掌審讞平反刑獄之政令。…凡刑部、都察院、五軍斷事官所推問訟獄，皆移案牘，引囚徒，詣寺詳讞。左、右寺寺正，各隨其所轄而覆審之。”從洪武元年到洪武十四年之間，磨勘司兼理了大理寺的職能。《明史》中記載，磨勘司的職能為“凡諸司刑名、錢糧，有冤濫隱匿者，稽其功過以聞。”

磨勘司在職能上並不與大理寺完全等同，否則就不會在洪武十四年復置大理寺。但磨勘司做為洪武元年革大理寺之後的接替部門，是因為磨勘司所秉承的主旨與大理寺相同。大理寺設立的主要意圖為詳刑、慎刑。大理寺起源於秋官司寇，“今大理者，亦舜攝帝位，皋繇作士正五刑，周秋官之任。秦為廷尉，漢因之，掌刑辟，凡獄必質之朝廷與眾共之之義也。兵獄同制，故曰廷尉”。顏師古對此解釋為：“廷，平也，理獄貴平，故以為號。”北齊將廷尉改稱為大理寺，隋初與北齊同。唐龍朔二年改大理為詳刑，咸亨元年復舊，光宅元年改為司刑，神龍元年復舊。宋因唐制，此後，大理寺，為後世所承。

大理寺在中國古代是輔政的重要工具，其作用主要發揮在慎刑上。在中國古代政治思想中，潘岳楊《荊州誄》曰：“惟此大理，國之憲章，君蒞其任，視民如傷，庶獄明，慎刑辟…”因此，大理寺在處理案件過程中，首先是將各部各司案件重新核查，然後再衡量量刑尺度是否有失偏頗。與此相比較，磨勘司之執掌既包括錢糧，也包括刑名。端以復最開始被召赴京，“除磨勘司丞。時官署新立，凡泉粟之出納，刑法之是非，物貨之變易無所不當。讞君，從本達支自流徂源，勾稽隱伏，纖芥軒露，毎一奏對上輒廷譽之。未幾，升為令。”“刑法之是非”也是磨勘司的工作範圍之內。磨勘司在處理諸司文移過程中，也是對問卷中的事件重新核實，再分類予以處理。涉及到量刑尺度問題，則在上奏中提出量刑問題。

“洪武十五年九月己未，糧長有徵民夏稅匿絹入己者。刑部以監守自盜論，磨勘司令俞綸駁之，謂糧長因徵夏稅匿人絹，非盜在官之物，據律條宜以因公科斂財物入己論罪，刑部所坐太重。奏入，上從綸議。”刑部量刑原因混淆，由磨勘司法請皇帝駁正。磨勘司也發揮著慎刑的功能。在今人的研究中，有人認為如果磨勘司為大理寺替代，那麼其標誌性行為就是必須參加司法會審、刑事複核等事務。但應該注意到，司法會審與刑事複核均為現代人概念。大理寺為古官職，刑部、都察院、大理寺的“三法司會審”也是發展到明代才出現的。在儒家傳統思想中，王道之治，以禮為本。為了維護“禮”，則要有“刑”的支撐。“禮之所去，刑之所取，失禮則入刑，相為表裡者也。”“道之以政，齊之以刑，民免而無恥；道之以德，齊之以禮，有恥且格。”以“慎刑”為政道的輔助，使刑不失之以禮，才能讓人信服。

所以“君子恕己以慎刑則審刑而後用，治定而正刑則必誅而無赦。”這才是國家統治穩定和政令實行的根本。明初大理寺之設的本意是以“慎刑”為準，明代洪武之後的皇帝也大都秉承此意。永樂九年十二月辛丑，朱棣敕刑部、都察院、大理寺臣曰：“聖王治天下未嘗廢刑，亦未嘗毫髮不慎。朕屢諭爾等詳慎刑獄，非極惡重罪者，遇盛寒暑必存恤之。……”磨勘司不失“慎刑”之意，又起到了複核刑名案件的作用，可以說擔當起了大理寺的職責。但當磨勘司的這一部分職能過渡到了御史刷卷刷卷後，就將司法複審同監督監察分割開來，御史刷卷專司監督審判問卷，將司法複審歸於大理寺。